例えば。

Cocoon設定は「最初から目次内容を表示する」にチェックがあり
該当の投稿だけ、ボリュームがあるため、目次を「閉じた」状態にする場合

該当投稿のカスタムJavascriptで

window.onload = function() {
  document.querySelector('.entry-content .toc-checkbox').checked = false;
};

反対に

Cocoon設定は「最初から目次内容を表示する」にチェックがない
（デフォルトで目次を「閉じる」）
サイドバーの目次を「開く」

この場合は、子テーマで

window.onload = function() {
  document.querySelector('.sidebar .toc-checkbox').checked = true;
};




上記だとタイミングが遅いかも・・・？
以下でも良い？

document.addEventListener("DOMContentLoaded", function() {
  document.querySelector('.sidebar .toc-checkbox').checked = true;
});